L’Istituto Statale di Istruzione Secondaria Superiore di Agnone è nato nel 1996 dall’associazione del Liceo Scientifico, dell’Istituto Tecnico Industriale e dell’Istituto Professionale per l'Industria e l'Artigianato. Nel 2005 è stato istituito l'Istituto Professionale di Stato per i Servizi Alberghieri e della Ristorazione.
Le citate istituzioni scolastiche sono situate in tre diversi edifici di recente costruzione, realizzati in conformità alle norme dirette all'eliminazione ed al superamento delle barriere architettoniche.

Le aule sono in numero sufficiente ed idonee per ampiezza e luminosità. Gli spazi d'interesse comune (corridoi, bagni, sale comuni, ecc.) sono abbastanza ampi.  

Alla guida dell’I.S.I.S.S. si sono succeduti nel tempo i seguenti Dirigenti Scolastici:

Carrese Mario dal 1996/1997 al 1996/97
Di Sabato Alessandro dal 1997/1998 al 1997/98
Carrese Mario dal 1998/1999 al 1998/99
D’Ambrosio Michele dal 1999/2000 al 2000/2001
Palumbo  Antonio dal 2001/2002 al 2001/2002
Di Iorio Alfonso dal 2002/2003 al 2003/2004
Silvestre Eugenio dal 2004/2005 al 2006/2007
Zazzarelli Rosanna 2007/2008 al 2008/2009
Camperchioli Tonina dal 2009/2010 attuale Dirigente Scolastico

Gli allievi, con riferimento alle singole scuole associate ed al sesso, sono così ripartiti:

a) Liceo Scientifico: 195 (73 maschi + 122 femmine);
b) Istituto Tecnico Industriale: 95 (89 maschi + 6 femmine);
c) Istituto Professionale Abbigliamento e Moda: 9 (tutte femmine);
d) Istituto Professionale Servizi Alberghieri e Ristorazione: 91 (46 maschi + 45 femmine).

Il Totale complessivo è di 390 allievi (208 maschi + 182 femmine).

E’ interessante notare che, fra gli allievi dello Scientifico, circa il 27% sono pendolari non residenti; degli allievi dell’ITIS, sono nella stessa condizione circa il 28%, per l’IPSIA la percentuale si aggira intorno al 20% mentre all’Istituto professionale  servizi per l’enogastronomia e l’ospitalità alberghiera sale al 50% circa. Gli allievi pendolari provengono, in gran parte, da Castiglione Messer Marino, Belmonte del Sannio, Bagnoli del Trigno  Capracotta, Carpinone, Longano, Pozzilli, Pietrabbondante, Isernia Si avvia ad essere del tutto marginale la presenza di studenti di quei paesi dell’hinterland ove l’invecchiamento della popolazione e il decremento demografico hanno un’ incidenza molto marcata: il riferimento è ai comuni di Pescopennataro, Poggio Sannita, Castelverrino. Lo stesso si può dire di quei comuni della provincia di Chieti ( Rosello, Borrello, etc.) che un tempo fornivano un cospicuo numero di studenti agli istituti superiori di Agnone. Non è poi inutile evidenziare che le percentuali dei pendolari salgono in modo significativo ove si considerino gli allievi che, pur risiedendo ad Agnone, abitano nei borghi rurali del vasto agro comunale. Tali borghi, in molti casi, distano dal capoluogo più di alcuni dei paesi viciniori.